Gli anni 1986 - 92
La terza legge per la ricostruzione del Friuli (L. 879/86) vede ancora una volta il Consorzio collocato in una funzione ad alta criticità. Con l'articolo 11 della legge stessa (caso rimasto unico di consorzio universitario di enti locali diretto destinatario di trasferimenti statali) all'Ente viene attribuita la funzione di "agenzia per la promozione della ricerca applicata", in riferimento alle disposizioni di cui all'anteriore legge 705/85 (integrazione delle disposizioni di riforma universitaria di cui al DPR 382/80). Tali disposizioni consentono, a superamento di precedente divieto, la costituzione di consorzi di diritto privato tra le università e le imprese ai fini dello sviluppo di progetti di ricerca pura ed applicata. Il caso udinese (dotazione Lire 6 miliardi) va in parallelo con una corrispondente assegnazione (per il tramite della Cassa per il Mezzogiorno) di Lire 4.000 miliardi, finalizzata allo sviluppo delle aree del Centro-Sud per il tramite della collaborazione università/imprese. L'esperienza, peraltro notevolmente complessa, condurrà a risultati di rilievo, come il caso del "fegato artificiale".
Il Consorzio, nel tale periodo, pure continuando ad assolvere le funzioni della Fase II (compensazione) entra nella Fase III (integrazione tra territorio, ricerca e università). Ciò avveniva nella maturata convinzione che senza una effettiva e decisa azione di raccordo l'Università di Udine, ancorché già meglio strutturata, ma principalmente impegnata nella realizzazione di un ampio programma edilizio, le funzioni speciali poste dalla legge istitutiva non avrebbero trovato concreta attuazione.
Così viene promosso l’avvio alla promozione e al diretto sostegno di iniziative aventi specifica rilevanza territoriale, dai settori della ricerca applicata a quelli con più spiccata valenza culturale e riferiti all'intero territorio del Friuli storico.
Si realizza quindi (1991), presso il Consorzio, in collaborazione con una società specializzata con sede in Bruxelles, il "servizio finanziamenti comunitari" (in riferimento al III programma quadro CEE per la ricerca), ponente in relazione le strutture di ricerca dell'università, le imprese del territorio e la DG XII Ricerca della Commissione in riferimento agli specifici bandi di progetti per ricerca. Nella triennale azione di tale servizio (quindi fatto proprio nel funzionamento dall'Università degli studi a partire dal 1994), l'investimento consortile ha prodotto una resa dell'850% nel rapporto tra costi del servizio e finanziamenti comunitari acquisiti dall'Ateneo per il tramite dell'azione consortile (in termini monetari oltre 1 MLd/Lire).